子宫内膜反应不良指黄体分泌孕酮功能正常，血清孕激素水平正常，但子宫内膜发育不良、分泌不良、成熟延迟，是早期自然流产的内分泌病因。原因为整个月经周期中雌激素水平较低和内膜雄激素、雌激素受体合成障碍。有报道自然流产妇女子宫内膜黄体酮受体减少，雌激素受体／黄体酮受体比值增加，使黄体酮作用降低，致使蜕膜组织细胞变性坏死，导致流产。
氯米芬应用后的高排卵率、低妊娠率和高流产率，与其所致排卵后内膜成熟延迟、腺体发育和分泌不良密切相关。内膜成熟延迟的根本原因是分泌期内膜细胞内黄体酮受体低下，从而不能维持正常的蜕膜化过程和蜕膜功能，胚胎种植和发育失败造成早期胚胎流产。
