病毒性疾病，目前西药中尚无特效药物，一般采取对症治疗和加强营养，注意休息。而板蓝根则对病毒性疾病有较好的疗效，常用它治疗以下几种病毒性疾病。
乙型脑炎：乙型脑炎是一种很凶险的疾病，儿童多见。有高热不退，烦躁不安，甚则昏迷抽搐等症。可用本品2～3两煎服，或用100%板蓝根注射液4毫升，肌肉注射，每天2～3次。亦可用本品配生石膏、黄芩、全蝎等同用。本品还有预防作用，若每日用本品10克煎服，连服5天，可减少乙型脑炎的发病率。
板蓝根能够有效治疗病毒性疾病
流行性感冒：一般感冒是不会传染的，若是病毒引起的就会传染，称为“流感”。它是一种常见病，有头痛，发热，全身乏力酸痛等症。若治疗不及时可加重病情，特别是体质虚弱者及婴儿老人则易并发肺炎等症，危害性更大。“流感”的治疗可用100%板蓝根注射液2～4毫升，肌肉注射，每日2次。或用本品30克，配羌活10克，煎服。
流行性腮腺炎（即痄腮）：也是一种常见病。可见腮部红肿疼痛，甚则头面红肿，咽喉肿痛，口渴烦躁，或有发热恶寒等症。可用板蓝根2~3两煎服，配用30%板蓝根溶液擦患处。
急性传染性肝炎：用本品30克煎服，或配茵陈30克，山栀10克煎服。或用100%板蓝根注射液，2～4毫升，肌肉注射，每日2次。
以上诸病还可以用板蓝根冲剂治疗。每服1包，每日2～3次，亦有较好疗效。
另外，用本品还可治疗病毒引起的心肌炎、脊髓灰质炎、暴发性红眼病等，均有一定效果。
