小儿肥胖可按脂肪组织的解剖特点、区域性分布及病因进行分类。
（一）解剖分类
小儿肥胖的类别分类
根据脂肪细胞数和脂肪的分布分类，有许多始于小儿期的肥胖者，脂肪细胞数可增加2～4倍。脂肪细胞数增加者属于多细胞性肥胖。这与另一种脂肪细胞数正常，但细胞大小增大的肥胖有区别。一般的肥胖者均为脂肪细胞体积的增大肥胖，而仅有少数几种类型的肥胖者是脂肪细胞数增多类肥胖。
（二）根据体脂的分布来分类
肥胖也可根据体脂的分布来分类，因为在体脂的分布中遗传因素起决定作用。体脂分类一般分上身性肥胖和下身性肥胖，上身性肥胖的男性和女性患心血管性疾病、糖尿病和高血压的危险性都增加，而下身性肥胖者的这些危险性则较低。
（三）按肥胖的原因来分类
这一分类大致可分为原发性肥胖和继发性肥胖。原发性肥胖即单纯性肥胖，这是由于不合理饮食及不良的生活习惯导致小儿长期能量摄人过多，而多余的能量转化为脂肪积聚于体内造成体内脂肪细胞数量增多和脂肪细胞体增大引起肥胖。这类肥胖99%属于单纯性肥胖症。小儿继发性肥胖是由各种病理性原因引起的，常见的原因有中枢神经系统疾病、内分泌代谢疾病及药物等。如中枢神经系统疾病中的脑炎、脑瘤引起的丘脑下部疾患也会引起肥胖，但常伴有脑炎、脑瘤等病史。内分泌代谢性疾病中的甲状腺功能低下也可导致肥胖，但常伴有轻微性水肿、智力低下等症状。另外，由胰岛细胞瘤或注入过量胰岛素产生的胰岛素过高症也可导致进食和脂肪贮留增加，但这种影响通常只是中等程度的肥胖。此外，如小儿长期服用肾上腺皮质激素类药物也可因其能引起能量代谢和物质代谢紊乱而引起肥胖，但脂肪分布一般集中于颜面、背部、腹部，呈满月脸、水牛背、腹部隆起。小儿病理性肥胖症占儿童肥胖症总数的不足1%，因此小儿的肥胖症大多还是由于缺乏体力活动及膳食不平衡所造成的单纯性肥胖。
