包皮是包覆在龟头外的皮肤，具有保护龟头免受感染、刺激的功能，一般在4岁以后其内层皮肤会逐渐成熟而与龟头分开，让龟头得见天日。而在这之前的包皮，仅在中央开口提供排尿之用，所以切勿尝试翻下男婴的包皮清洁龟头，只要用清水轻轻洗至包皮无法再翻下时即可。
如果包皮或阴茎皮肤呈现红肿、并有黄色分泌物流出，这就是包皮炎，通常需采用抗生素治疗。倘若经常发生，则建议手术——即包皮环切术治疗。只是这项手术虽然简单，但是男婴不易照顾伤口，所以医生们除非必要，多不会主动建议，而会在孩子8、9岁以后，才建议进行手术(此时只要局疗麻醉，但在8、9岁前则需全身麻醉)。
另一个问题是包茎。所谓的包茎，是由于包皮炎复发而造成包皮出口结疤狭窄，此时可以看到婴儿小便时，包皮全鼓得像球一样，需费力解尿后，包皮才慢慢消下去。这样的情况，常会造成包皮垢发炎化脓及包皮炎，甚至尿道感染等更严重的症状，所以通常建议采用手术治疗。值得注意的是，包皮垢在一般不引起感染的情形下，其实是不需要特别处理的。门诊中常见到小男婴在包皮和龟头间有黄白色的肿块，父母常以为是患了什么先天疾病，但大多仅是一块包皮垢而已。
