先天畸形是指出生前就形成的结构异常。曾有报道对30例乙肝表面抗原阳性的孕妇所生的新生儿进行细胞遗传学检查，结果先天愚型有2例。所谓先天愚型是指染色体畸变引起的先天性疾病。主要表现为智能发育障碍、体格发育迟缓，以眼距宽，眼裂小，两眼外侧上斜，鼻梁低，耳廓小，舌伸于口外为特征。手指短而粗，小指内弯，有典型通贯手。常伴有脐疝、隐睾，另先天心脏病、白血病发病率亦较高。故乙肝病毒感染可能是不可忽视的致畸因素之一。
与乙肝表面抗原阳性有关的异常儿中，有1例临床上有严重畸形，联体双胎，胸腹贯通，前庭子宫，上肢4只，下肢3只，先天性心脏病，多指等。其母孕前检查虽乙肝表面抗原阴性，但妊娠6个月时乙肝表面抗体(HBsAb)阳性，说明其母妊娠期有过病毒感染，虽出现乙肝表面抗体，但亦致畸。由此可见，妊娠前及妊娠期均忌感染乙肝病毒。乙肝病毒致畸的机制可能为病毒影响配子（生物进行性生殖时所产生的性细胞）形成或受精卵早期卵裂，或对胚胎发育及器官分化产生影响。
所以在有乙肝病毒感染而表面抗原未转阴之前，怀孕是有致畸风险的，最好是转阴后才妊娠就较安全。对于那些乙肝表面抗原阴性者来讲，妊娠后感染乙肝病毒也会致畸，故想生孩子的妇女，有备无患的办法是先注射乙肝疫苗预防，让身体产生乙肝表面抗体，把乙肝病毒拒于体外，然后再妊娠，这是上策。
