妊娠期母体患有感染性疾病需用抗感染药物时，要注意有些药物对孕妇和胎儿具有毒副作用与致畸作用。
孕期不宜选用的抗菌药物有：(1)无味红霉素，可导致孕妇肝内胆汁淤积症和肝脏受损。(2)磺胺类，可渗入胎儿大脑，导致胎儿脑损伤或出生后新生儿黄疸。(3)四环素类，可致孕妇肝功能衰竭，胎儿四肢发育不良、小肢畸形和牙齿发育不良。(4)氯霉素类，会发生新生儿“灰婴综合征”，表现为呕吐、厌食、腹胀，进而产生循环衰竭。(5)抗真菌药，如酮康唑可透过胎盘，对胎儿有致畸作用。(6)抗结核药物，利福平有致畸作用，故妊娠3个月以内禁用。(7)抗菌中草药，穿心莲可对抗孕激素，会导致流产，故孕早期不宜应用。
孕期可以选用的抗生素有：(1)青霉素类；(2)先锋霉素类，如头孢氨噻肟钠；(3)大环内酯类，如螺旋霉素、红霉素、阿齐霉素。可选用的抗菌中草药有：黄连、黄柏、金银花、苦参、鱼腥草等。但这些药要在医生指导下慎重使用，不可过量。可选用的抗真菌药有：制霉菌素、克霉唑，孕期可迭用，对胎儿较安全。
