一般要将蛋放到凉水当中，凉水沸腾之后继续煮5-8分钟，更加有助于蛋类当中营养物质的吸收和代谢。如果水煮蛋的时间过久，会使蛋类当中的蛋白质过分凝固，不利于机体对蛋白质的吸收和代谢。但是如果水煮蛋的时间过短，蛋类当中的蛋白质又不能够完全凝固，也会影响到机体对蛋类蛋白质的吸收、代谢和利用，不利于发挥出蛋类当中的营养价值。
另外从食品卫生学的角度上讲，水煮蛋的时间过短，蛋类当中残存的致病微生物，不能够被完全杀灭。如果吃了没有完全煮熟的蛋类，其中含有的致病微生物，会对于胃肠道产生明显的负面影响，进而容易出现恶心、呕吐、腹胀和腹泻，影响到身体健康，所以水煮蛋要在水沸腾之后继续煮5-8分钟。
鸡蛋煮时间长了，最好是不要食用。鸡蛋在开水中煮超过10分钟，鸡蛋内部易产生一系列化学反应，蛋白质密度越来越高，不容易与胃酸中的胃蛋白酶结合，营养物质不容易被人体吸收。另外，蛋白中所含的蛋氨酸经过长时间加热后，会溶解出硫酸盐，而这种物质易与蛋黄中的铁元素发生化学反应形成硫化铁或者是硫化亚铁，所以鸡蛋蛋黄表面颜色会呈现出黑绿色，对于消化能力较差的人士或者是青少年，以及儿童等特殊人群，在食用之后易出现胃痛、胃胀等消化不良症状。
所以在煮鸡蛋时，一定要掌握好时间，在煮鸡蛋时最好是冷水入锅，水开后再煮三分钟即可食用，这时候生鸡蛋呈溏心状，营养元素较为全面，且易于人体吸收与消化。虽然煮鸡蛋食用价值较高，但是食用者也需要注意不可过量摄入，过量摄入煮鸡蛋容易加重胃肠道反应，导致胃肠道蠕动过慢，而引起消化不良、胃酸等。
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如果鸡蛋煮久了，除了会影响口感外，还会有以下危害，但是不会产生有害物质。
1、营养价值下降，鸡蛋中所富含的B族维生素和维生素E会随着煮沸时间的增加而破坏流失。
2、使不饱和脂肪酸氧化，鸡蛋中富含亚油酸、花生四烯酸和DHA（二十二碳六烯酸），在煮沸条件下，水温都在100℃以上，此时随着温度的影响氧化反应加速，氧化的胆固醇可与人体细胞氧化及炎症反应增加等有关。
3、鸡蛋煮得越久，蛋黄表面会形成灰绿色的硫化亚铁层，很难被人体吸收，蛋白质老化不仅味道不好，又影响消化吸收。
水煮蛋制作参考方法：
将新鲜表面无破损的鸡蛋用清水洗净后，凉水下锅，等水煮沸3-5分钟后，关火捞出放置，此时煮出来的鸡蛋蛋白已完全凝固，蛋黄熟而不硬，质地软嫩，颜色金黄，口感软糯。国外煮鸡蛋的锅具（煮蛋器）外会标注3或5指的就是煮沸3分钟或5分钟，此时间内煮的水煮蛋不仅营养保存最完整，也能杀灭有害菌，所以最受大众所喜爱。
