随着医学的进步与发展，习惯性流产的原因已基本探明，50%～60%的早期流产是受精卵的染色体异常所致。这种流产减少了先天性畸形儿的出生，是人类的一种自然淘汰现象。然而，排除夫妇双方染色体异常、子宫先天畸形这类先天因素后，多数后天因素导致的流产是可以避免的。
(1)子宫内膜炎：慢性子宫内膜炎是导致流产的最常见原因。英国科学家1997年的一项研究证明，约90%流产与妇科炎症有关。在胚胎的发育初期，需要通过细小的树根状绒毛组织从母体汲取营养。子宫内膜的慢性炎症可影响绒毛的发育。此时，就像树根发生了坏死，枝叶也会枯萎一样，随着胚胎的死亡，自然流产就随之发生。子宫内膜炎表现为白带量增多，经期延长，腰骶部疼痛等。有经验的医生根据患者症状和B超检查，即可做出诊断。准备怀孕的女性如有这类症状，应及时检查治疗。
(2)慢性阴道炎：女性生殖道有一层薄薄的上皮，医学上称其为上皮屏障。这一天然屏障既可防止女性生殖器感染，又可避免上皮下淋巴细胞与精液直接接触。当炎症破坏这一屏障时，精液会直接与这些淋巴细胞接触，促使女性产生抗体。这些抗体即优生学上常说的抗精子抗体或抗子宫内膜抗体。孕前应积极治疗生殖器炎症，直至治愈。同时做免疫学检查。如发现抗体阳性，要治愈后再考虑怀孕。避免经期同房，以免感染和产生抗体。
(3)月经不调：由月经不调导致的流产多见于那些月经提前、经期延长（整个经期可延长至十几天）者。这些表现实际上就是医学上所说的功能性子宫出血。这种患者孕激素水平低下，一旦怀孕，孕酮水平更显得不足，因此可造成母体对胚胎的免疫排斥，子宫肌肉兴奋性增高，影响绒毛发育，导致流产。孕前应调整月经周期，使其恢复到正常状态，为胚胎着床、发育做好充分的准备。长期月经不调者，一旦怀孕也应及时就诊，调整孕后内分泌水平。
(4)病原微生物感染：在反复流产的患者中，病毒感染也是常见原因。常见的有风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒或弓形体感染。这些病原微生物可通过胎盘感染胚胎或胎儿，造成胚胎、胎儿发育畸形，最终流产。这里还有个隐性感染问题，如人们一般认为弓形体感染是养宠物引起的，却不知吃涮锅，进食半生的牛羊肉也会感染。由于这种感染没有特异性，多数感染者可以没有症状，因此很容易被忽略。对于有习惯性流产的人来说，做好孕前病原学检查，比孕后保胎更为重要。
(5)反复刮宫：有些流产发生在孕期的5～6个月，这些患者经B超检查证实胎儿发育正常，但流产发生来得也很快。她们常诉说“肚子痛，十几分钟，孩子就流出来了”。究其原因，这些患者大多有反复刮宫史。多次刮宫会导致宫颈损伤，随着怀孕月份的加大，宫腔内压力的增高，最终导致宫口开放，流产。一旦发生计划外怀孕，刮宫时间应安排在怀孕45天以后。原因为45天前宫口坚硬而小，反复强行扩宫，容易导致宫颈结缔组织损伤，难以承受怀孕带来的宫内重压。孕前检查发现有宫颈损伤者，应提前做宫颈缝合术。也可在怀孕4个月后做宫颈环扎术。
自然流产是孕妇的不幸，但从某种意义上讲，自然流产正是人类不断优化自身的一种方式，也正是对孕育着的新生命进行选择。优胜劣汰是大自然的法则，占流产50%以上的染色体异常，胎儿早期流产可减少畸形儿的出生。因此，在保胎前应尽可能的查明原因，尤其是习惯性流产，不要盲目保胎。
