孕期是女性一生中的一段特殊时期，孕期用药要特别注意，几乎所有药物都能通过胎盘，因此孕期用药等于母婴两人同时接受治疗，医生在给药时应考虑到是给母子两个人同时用药。并且孕期母体代谢有改变，胎儿处于发育生长过程，其生理情况有异于成人，如孕期用药不当，则易引起胎儿的发育障碍、流产、早产，甚至出现畸形等。
妊娠早期用药不当可阻止胚胎发育。怀孕2～4个月是胎儿心脏发生、发育的最关键时期，此期胎儿的胎盘已经形成，药物可通过胎盘屏障进入胎体，引起胎儿脏器发育畸形功能异常，重者可引起胎儿官内死亡。
在妊娠中晚期，由于胎儿大部分脏器已经发育成形，即使用药不当也不致引起畸形，但可导致其脏器的功能障碍。这是因为胎儿脏器虽然已分化定型，但功能尚不健全，胎儿肝脏还缺乏解毒的酶，使其对各种药物的解毒功能不足。胎儿的血一脑屏障渗透性强，许多药物易在脑内积聚，而且胎儿的肾脏滤过功能低下，药物排泄缓慢，使药物在体内长时间蓄积，从而导致脏器功能不全，如耳聋、感觉迟钝等。
孕期用药要特别慎重，若用药不当，不但可导致胎儿畸形，还可能产生一些非畸形的有害影响，尤其是孕期应尽量避免用药，而必须应用时宜采用最小的有效剂量。但另一方面，又不可因害怕药物对胎儿的影响而置孕妇疾病不顾，因孕妇疾病不治疗可能对胎儿产生其他影响。因此，应权衡利弊，具体病例具体分析处理，确保母子安全为主。妊娠期间要少用或不用药，任何药物的应用，应在医生指导下，严格掌握，合理使用，切勿滥用，以防给母子带来危害。
